結晶蒸發器讓低溫液態制冷劑和待制冷的介質交換熱量，造成換熱量不足的原因大致有水流量不足、異物堵塞（蒸發管表面結垢，結晶導致換熱量不足），結晶蒸發器設備廠家介紹蒸發器換熱量不足的原因。

水流不足：水泵損壞、水泵葉輪內有異物、水泵進水管有漏氣。更換水泵，或把水泵拆開清除葉輪內的異物。

堵塞或結垢：判斷是否因堵塞或蒸發管結垢而導致，檢查水泵是否有故障的前提是要確保水泵和進水管路正常，堵塞或結垢有一個共同且非常明顯的特征（僅適用于中溫蒸發結晶器），就說在日常使用時壓縮機表面不會有大量冷凝水、結霜、結冰。當看到表面有大量冷凝水、結霜、結冰時，基本可以判定為是蒸發結晶器堵塞導致。

若導致結晶器出現故障的原因是堵塞或者結垢，則需要拆開結晶器取出蒸發管用高壓槍沖洗干凈，或采用專業藥水浸泡清洗。

在一些電鍍廠里也會用到結晶蒸發器比如：酸性鍍鋅。一些酸性鍍鋅藥液中含有“氯化鉀”，當其通過蒸發管表面時，因蒸發管表面溫度低（低于飽和溫度）而發生化學反應析出結晶，結晶物經過日積月累后，把蒸發管層層圍住，使蒸發結晶器失去換熱能力。